В 1997 году монастырь стал тюрьмой исключительно для заключенных, отбывающих пожизненную меру наказания. После введения в 1996 году в России моратория на исполнение приговоров к смертной казни эти приговоры стали автоматически означать пожизненное тюремное заключение.
В настоящее время — одна из пяти колоний для пожизненных заключенных в России («Вологодский пятак», ИК-5). Всего в тюрьме содержится около 193 человек.